不等大boss現身，不知道卓sir是敵是友，還未查明事情真相之前，歡喜哥不會現真身。歡喜這樣做，只為查明事情真相，給死去的妻子一個交代，讓兒子知道他是一個正義又威風的好警察。
《使徒行者2》劇情剛開始時，卓凱神秘前往泰國曼谷，與潛伏在當地的香港CIB臥底進行打擊泰國毒梟的行動。就在眾人完成任務即將撤離泰國之時，一場爆炸令卓凱手下臥底全部葬身火海。
與此同時，卓凱好友兼CIB督察黎瑞權(張兆輝飾)原因不明地被殺害，留下一個還未正式成為臥底的女警鄭淑梅(黃翠如飾)由卓凱接手指導。
卓凱知道瑞權手下還有其他身份被刪除的臥底，要還原瑞權之死的真相，必須將臥底全部找出來，卓凱與淑梅開始尋找臥底的工作。
另一方面，“長興”坐館魏德信(陳豪飾)打算重建幫會，對字頭里的叔父輩趕盡殺絕，覃歡喜(許紹雄飾)雖逃過一劫，愛妻卻死在他懷抱中。
事后歡喜潛入警署，刪除自己的臥底檔案，徹徹底底地淪為黑道中人并成立新字頭“福和”，誓要與德信拼個你死我活。
卓凱和淑梅陸續確認了樂少鋒(周柏豪飾)和徐天堂(袁偉豪飾)的臥底身份為了盡快尋回其他臥底，卓凱更親自潛入長興，遇到專門替德信處理黑錢生意的施嘉莉(宣萱飾)，從而更深入發現犯罪世界的另一面。
歡喜與德信的斗爭，將卓凱和眾臥底卷入其中，為對付德信以及他操控的黑警勢力，卓凱及眾臥底不得不與歡喜聯手。
旺角警署陸SIR(陳嘉俊飾)發現警隊接連發生高層警官被殺事件。卓凱及淑梅同時發現，這一切可能是少鋒所為，少鋒身份就被德信發現，落得慘死收場……
長興與福和斗爭白熱化，雙方牽涉入一宗國際犯罪集團的洗黑錢活動當中，德信使計令歡喜一敗涂地，但同時他所有黑錢一夜之間不翼而飛。
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